Disminución de la capacidad de retención de agua por la colmatación de las lagunas (reducción de la cota de llenado por el nivelado del terreno y el movimiento de tierras). Se estima que las lagunas acumulan actualmente un 40-70% menos de agua que en condiciones óptimas. Las lagunas se han cubierto de limos de manera natural en el transcurso de su historia, pero las transformaciones antrópicas del hábitat han contribuido a acelerar este proceso. En los años de sequía, las lagunas son utilizadas como terreno de labor, provocando la reducción de la cota de llenado por el nivelado del terreno y el movimiento de tierras. La reducción de la capacidad de retención de agua disminuye el período productivo de las lagunas, actualmente las lagunas acumulan un 70 % menos de agua que en condiciones naturales, y aumenta el período en el que las lagunas carecen de agua de un modo no natural. La consecuencia de la colmatación de las lagunas se traduce en una reducción del periodo de llenado, afectando negativamente a las especies de aves acuáticas del complejo lagunar por la destrucción de hábitats, pérdida de zonas de alimento, reducción de las zonas de refugio, etc.

Se ha interrumpido los padrones o canales de agua por los que se produce el llenado consecutivo de las lagunas. Los padrones o canales de agua por los que se produce el llenado consecutivo de las lagunas han sido transformados por las labores agrícolas, encontrándose interrumpidos o con nuevos trazados para favorecer el vaciado de las lagunas. La disminución de la capacidad de retención de agua por colmatación y la eliminación de los sistemas naturales de llenado consecutivo de las lagunas están directamente relacionadas con la reducción de la acumulación de agua de las lagunas, incrementando su vulnerabilidad al aumentar el periodo que permanecen secas y favoreciendo los procesos de transformación. Estas amenazas contribuyen a la pérdida de hábitats, refugio, disminución de la fuente de alimento, etc. en el complejo lagunar
Localización (si procede): Interrupción y nuevos trazados de los canales de agua que comunican la Laguna Llana con la Laguna Grande, la antigua Laguna del Picatel con la Grande y la Laguna Chica con la Laguna del Burro

Se pretende recuperar dichos canales naturales de llenado, que al mismo tiempo que ponian en contacto lagunas naturales, favoreciendo su llenado consecutivo, también actúan como zonas de drenaje y evacuación de aguas de lluvia para los terrenos particulares circundantes, “saneando” dichas tierras.

Los márgenes de las lagunas mantienen altos niveles de sobrepastoreo ganadero (ovino y vacuno), limitando el desarrollo de la vegetación asociada. Los márgenes de algunas lagunas mantienen altos niveles de sobrepastoreo ganadero , limitando el desarrollo de la vegetación asociada y favoreciendo procesos de reducción de la diversidad botánica debido al pisoteo, la nitrificación producida por la concentración de excrementos del ganado y la utilización de la biomasa como alimento.

Los hábitats afectados son los Estanques Temporales Mediterráneos y las Zonas subestépicas de gramíneas y anuales del Thero-Brachypodietea. En consecuencia, las aves del Anexo I de la Directiva 79/409/CEE, asociadas a estos hábitats, también se verán afectadas.

Las estepas salinas se ven amenazadas por su transformación en terrenos agrícolas.

Existe riesgo de nuevas reforestaciones y la consiguiente pérdida de hábitat.

Existen proyectos de transformación en regadío de terrenos actualmente en secano o que están ocupados por pastilzales.

Destrucción de la vegetación natural en la cuenca receptora de las lagunas.

Potencial colisión de aves con una instalación de una alambarda y un tendido electrico instalado recientemente.